故事终于进入了传说中的“圣域十二宫篇”！！！星矢和青铜圣斗士们为了拯救女神雅典娜，直面教皇率领的黄金圣斗士们，双方演绎出一场惊世大战！
从神话时代起，每隔两百多年女神雅典娜和冥王哈迪斯之间就会发生异常规模宏大、惨烈非常的圣战。距今（1990年）243年前，也就是上一次圣战发生的时候。在欧洲某修道院内，曾经生活三个好朋友，分别是亚伦、亚伦的妹妹萨沙和日裔少年天马。看似平凡的三个少年却有着极不平凡的身份。萨沙很小时候便被希腊的访客带去圣域，原来她便是雅典娜女神的转世；天马功夫高强，正义勇敢，完全凭借自己的能力领悟了小宇宙，并由天秤星座黄金圣斗士童虎带回圣域修炼，最终成长为天马星座圣斗士；亚伦酷爱画画，一心画出完美的作品，而灵魂中冥王哈迪斯的意
在距离地球非常遥远的“星空界”中心，存在着圣域“星之神殿”以及十二星座的星之公主们，她们的力量维持着宇宙间的平衡。然而某天，星之公主们遭到不明人士袭击，变成了12支“公主星光彩色笔”散落在宇宙中。再这样下去，星球将会毁灭，连地球和宇宙都会被黑暗所吞噬……！“众星的光辉消失之时，与闪耀之书一同诞生的传说中的战士·光之美少女，将会夺回星辰的光芒。”来自星空界沙曼星的外星人少女拉拉和在星之神殿侍奉星之公主的宇宙妖精普伦斯依循着宇宙间流传的这条古老传说，带着星之公主们最后诞生下来的希望·芙娃一起离开故乡*，踏上了
猪猪侠等人为救阿五来到了元灵圣域，不料却被圣域的元灵们误解而产生冲突，小虎队与元灵们解除误会后成了好朋友，并阻止了乔贝利夺取元灵之心的阴谋。最后，在元灵们的帮助下，猪猪侠等人顺利返回童话星。宇宙杯大赛正式开幕，小虎队终于登上决竞球最高的舞台。
猪猪侠等人为救阿五来到了元灵圣域，不料却被圣域的元灵们误解而产生冲突，小虎队与元灵们解除误会后成了好朋友，并阻止了乔贝利夺取元灵之心的阴谋。最后，在元灵们的帮助下，猪猪侠等人顺利返回童话星。宇宙杯大赛正式开幕，小虎队终于登上决竞球最高的舞台。
在城户沙织以“银河战争”的开幕为开端，觉悟到自己要为将在圣域蔓延的邪恶曝光于天下而战的宿命之后，感觉到纷争气息的邪恶女神“厄里斯”在彗星“雷帕鲁斯（Repulse）”的引导下再次袭击地球，企图为大地带来流血混乱。为了粉碎她的野心，身为雅典娜的侍女的圣斗少女们陆续展开了激斗！
解开封印的绝世王者古玄尘，终于踏上了修行之途，在不断修炼变强的途中，他也了解到自己真正的身世，面对残酷的真相，古玄尘并不怨天尤人，他只愿以手中剑破除世间一切不公不义！他来到更广阔的世界，面对更强的敌人，演绎更辉煌的热血传奇！
最后的时刻即将来临！距离弑神之箭刺穿雅典娜的心脏只剩下五个小时了。唯一能够拯救雅典娜的人，就是坐在圣殿顶端的教皇。不过，星矢和四位青铜圣斗士们要想到达教皇厅，就必须突破黄金圣斗士守护的十二宫。距离抵达教皇厅前还有五座宫殿。星矢和他的朋友们能否击败阻挡他们的强敌，到达隐藏着令人震惊的真相的教皇厅？
射手座黄金圣斗士艾欧洛斯怀抱女神转世雅典娜逃出圣域，途中遭到双子座撒卡和摩羯座修拉的阻击身负重伤。命运的驱使下，垂危一线的艾欧洛斯将女神托付给刚好来喜马拉雅山脉探险的日本城户财团总裁城户光政。知晓前因后果的光政将女神带回日本，并为之起名沙织，以孙女的名义将其抚养长大。
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