沈剑心是一位稻香村的保安，平平无奇的他立志成为一代大侠。在拜入江湖大派——纯阳宫后，竟阴差阳错地领会了纯阳宫祖传的绝世秘籍。但他对于自己领悟的一身绝学却毫不知情。于是他步入江湖，逐渐成长，在盛世大唐的江湖纷争中见识了风风雨雨。一个拥有绝世武功的小透明，又将会在江湖中掀起怎样的风浪。
进入了明治时代，曾经的“刽子手拔刀斋”绯村剑心已经习惯了神谷道场的安宁生活。谁知就在这一天，倒幕战争时的旧友——号称维新三杰之一的大久保利通将其请去。原来继承了剑心刽子手身份的志志雄真实当年被新政府背叛，侥幸活下来的志志雄正秘密筹措称霸日本的可怕计划。
为了救神谷薰，绯村剑心纵身跃入大海，昏迷中他飘到某座小岛，最终为传授了他飞天御剑流的师父比古清十郎所救。深感到自身与志志雄真实的巨大差距，为了拯救全日本，剑心恳请师傅传授他飞天御剑流的最高奥义。与此同时，志志雄剑指东京，迈出武力夺国的下一步。
经历了动荡的明治维新，日本迎来新的时代。在明治政府第十个年头，不祥的气息弥漫东京。恶德实业家武田观柳操纵女医师高荷惠研制新型鸦片，公开招揽落魄武夫，大肆收购周边土地，有条不紊地实现他的狼子野心。在此期间，以刽子手拔刀斋之名滥杀无辜的鹈堂刃卫引起了前新選组头目斋藤一的注意，也迫令隐姓埋名多年的拔刀斋本尊绯村剑心登场。
拔出天道之剑的沈剑心信心满满，下山重回江湖。而此时的中原武林正面临着前所未有的危机。沈剑心因身负胎气原力和天道之剑，临危受命进入航海世界，卷入了层层阴谋之中。在沈剑心一行人的旅途中，意外接连不断地发生，神秘人物的身份也逐步揭晓……
故事发生在维新政府建立之后的幕末时代。在一个小村庄里，生活着一位个性正直的少女神谷薰。村里有个名叫比留间五兵卫的男人，自称“拔刀斋”而到处作恶，阿薰为阻止五兵卫手持竹刀与之拼命，但却不是他的对手。五兵卫手起刀落，眼看阿薰性命难保，千钧一发之际，一位俊秀的红发剑士救下了她。 救下阿薰的剑心拿的是无法杀人的逆刃刀，却说自己就是杀人无数的“斩人拔刀斋”。阿薰对剑心产生了兴趣，她很想了解剑心的过去，想知道剑心为什么不再杀人，也希望剑心结束流浪生活，在自家的神谷道场安家，用剑去实现保护受苦受难之人的愿望……
* 此篇乃是制作动画小组自行产出的剧情，并非原作者和月的构想。rr星霜篇故事发生于人诛篇约十多年后，晚年的剑心与神谷薰同患上不治之症，剑心在甲午战争（日本称为“日清战争”）时于中国失去记忆，最后左之助找到他并助他回到日本，最后剑心死于神谷薰的怀抱之中。故事前半主要以神谷薰的视点描述与剑心的往事，其间亦加插了少量人诛篇的回忆画面。
故事背景从宏大的江湖庙堂转移到热闹平凡的市井街坊中，沈剑心受掌门李忘生之邀，前往长安城筹建纯阳分宫，靠摆摊算卦营业维生。在这“长漂”的日子中，沈剑心不再是拥有主角光环名扬四海的江湖大侠，因为一些对世情的错误认知以及对当下环境的判断不足，导致了一系列稀奇古怪的趣事。就像许许多多个奋斗在大城市的年轻人一样，虽过着喜忧参半的“长漂”日子，但依旧乐观、励志、充满侠义精神。
明治维新运动后十二年，日本迎来了新时代。曾经叱咤风云的刽子手绯村剑心如今已成为和平主义者，与朋友们一起在东京过着平静的生活。一天晚上，剑心最喜欢的餐厅遭到炮火袭击，只留下一张写着“人诛”的字条——有人准备替天行道，审判之日近在眼前。此人名为雪代缘，对剑心怀恨在心，带着一众手下前来复仇。目睹无数无辜之人被牵扯进这场残酷的斗争，剑心终将面临一场审判，并由此找到对过去的救赎。
青隐阁弟子吴青山自幼练剑，从未下山，师傅派他独自出山，前往流云剑渊寻找墨尘长老、取回月魄剑心。一月之限，封印之责，压于一人之肩。下山途中，吴青山因一碗面邂逅少女沈若水，两人一路相伴，穿越险境重重：妖兽横行的黑风岭、暗流涌动的忘川镇、被各方势力觊觎的流云剑渊废墟，直至终于寻得墨尘长老，却发现月魄剑心早已置于江湖漩涡中心。与此同时，影阁阁主冥幽蓄谋已久——他早年伪造剑心传闻，借各派之手毁灭流云剑宗，为的正是趁封印将破之际，释放邪气、称霸天下。吴青山与沈若水携月魄剑心冲破重重追杀，最终回归青隐阁，封印修复，危机
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