雍正为了消灭所有反对势力，决定毁灭反清复明的重要据点——少林寺。寺庙被大炮摧毁，幸存的106名少林弟子发誓硬闯皇宫，杀死暴君。
清朝初年，朝廷有令民间不得习武，少林寺方丈深知这是清廷视武学发源地的少林寺为肉中刺欲除掉的结果，预感少林寺迟早会遭大劫，决定广收俗家弟子予以栽培，将少林绝学遍布民间，以期造成“野草烧不尽”之势。消息一出，渴望习武的血性男儿纷纷响应，其中以方世玉（傅声 饰）、胡惠干（戚冠军 饰）、洪熙官（韦弘 饰）等人求武之心最诚，终入少林寺大门，与他们一同入寺的还有胡德帝（姜大卫 饰）、蔡德忠（狄龙 饰）等反清义士。众人虽为大义而来，各人心里却有不同的想法。成为正义一方的方世玉与胡德帝等人以少林绝学了却自己的仇恨后，发觉
康熙年间，在一片太平盛世、国泰民安景象之下，却潜伏着种种危机，暗流涌动。而这一切的一切，只是在等待一个时间，一个机会。随着岁月的洪流，将会一一浮出水面。康熙帝去少林寺找方丈密谈，方丈连夜叫七个徒弟，与康熙派的三位官员，护送一个宝盒去西域。这些问题密谈的二人和康熙的心腹大臣高官员外，再无他人知晓。也正是因为这个宝盒如此神秘，引起其它势力的猜测与躁动，首先惊动的便是太子党。索额图当夜陪康熙去少林寺与方丈见面，但密谈之时康熙让他与其他一干人等在少林寺外护驾，所以索额图并不知道这件事的详情。回宫后，索额图向太子禀
乾隆三十八年间，少林叛徒高进忠率领清兵血洗少林。侥幸逃生的义士对高恨之入骨，誓杀奸贼以报冤仇。然几次复仇行动皆告失败，以洪熙官为首的一众义士避开清兵锋芒，前往广州创办了“琼花会馆”。但不久高进忠调任广州提督，来至此地，双方又是一场恶斗。另一方面，广州方姓之家有一公子，名叫世玉，他自幼随母习武，功夫了得，加上天性顽皮，少不得在外惹出祸端。广州恶霸雷老虎死在方世玉手下，雷的妻子李小环和丈人李巴山对世玉穷追不舍。危急时刻，奄奄一息的世玉遇见了正在逃避官府追杀的洪熙官
张正这名美籍华人被任命到中国大陆护送一件宝物运到美国。随后他来到了著名的少林寺等待消息。随和的他马上跟少林寺里一名七岁的小和尚清淳结下友谊之情。毕竟凡夫俗子与出家人的生活习惯存在很大的差异，就连文化差异上也存在很多的分歧。因此有很多事情，让身为客人的张正大感意外与不忿。 后来张正才知道，那宝物是一个拥有特异功能的少女小菁。两人共同发现了一个大阴谋，却阻挡不了两人感情的增长。
四大家族之一的金虎堡堡主在一次押镖途中，被四名蒙面和尚劫杀。叶青花（刘玉璞 饰）被怀疑与此案有关，游侠雷迅（尔冬陞 饰）助友洗脱嫌疑，竟卷入奇案，三闯少林，找出四名和尚。导演唐佳和编剧设计的「大刀阵」、「十二金刚阵」绞尽脑汁，最后一个「板凳阵」更叫人拍案叫绝，叁阵已成电影经典。雷迅找出四名和尚，当众伏法，以为真相大白；岂料，四名和尚又到处杀人，雷迅才知道被人利用，引发连场打斗。唐佳起用六大武指同场度招，动作的速度与难度奇高，令人叹为观止。
在少林寺传奇3的演员阵容颇为豪华，除了第一部的李渊、谢苗、孙卉凝、潘元甲等老班底，还加入了嵩山少林寺武僧--徐鹏军（法名：释延君）和武打童星曹骏，全国武术冠军许明虎，以及大哥大--洪金宝的加盟！另外，鲍国安将再次与都晓导演合作，出演《少林寺传奇3》。曾在《少林寺传奇1》中，鲍国安饰演剧中的少林寺方丈，深受观众的喜爱，这次鲍国安老师再次扮演少林寺方丈。计春华则将从以往的反面变身正派！
清末，“闽南技艺团”团主刘炮在率团为慈禧太后的宝贝公主白雪格格的大婚典礼做庆贺演出时，被欲报父仇的洪坤利用，卷入一场暗杀慈禧的阴谋。刘炮为求脱身而掳走了白雪格格，在逃亡途中二人暗生情愫。白雪决定陪刘炮赴台追查洪坤的下落，不想到台湾后即无意间卷入了七崁之间的矛盾纷争……
明朝中叶，皇帝年少，朝野腐败。大太监李瑾忠把持朝政大权，人称“九千岁”，他不但诛杀异己残害忠良，更与倭寇勾结,鱼肉百姓。洪州的惠王收集了九千岁的通倭罪证前往京城，希望能在皇帝和百官面前一举扳倒九千岁。为保护惠王安全，初出茅庐的杨恕和华安众僧一路护送。在艰苦的护送途中，杨恕结识了锦衣卫将领马千秋与惠王之子朱辰钧，三人惺惺相惜结为兄弟，共同对抗九千岁。狡猾的九千岁没有坐以待毙，他不断派出刺客，企图销毁一切证据。一时间，京城里充满了明争暗斗。九千岁凭借权势，成功抹杀了惠王带来的证据，令惠王陷入束手无策的绝境。杨
隋朝末年，隋将王世充的侄子王仁则在督建河防工事时，杀死了起来反抗暴虐的神腿张，但令其儿子小虎子跳河逃离虎口。小虎子被少林僧人救起收入寺中后，为报父仇毅然削发为僧，法名“觉远”。王仁则的侍卫长遇见牧羊女白无瑕后垂涎其美色，强行将其抢回府并欲酒后施暴，恰巧被只身前来报仇的觉远发现。在救白无瑕逃生的过程中，觉远因武功欠佳被王仁则刺伤，促使其回到少林寺后更加刻苦练功。后因觉远救援被王仁则追赶的李世民，少林寺遭遇劫难，觉远身上的责任更重一层。
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