在第二季中，尼基塔的生活发生了戏剧性的变化，她和迈克尔开始纠正组织的错误，却发现自己的门生亚历克斯加入了组织。在得知她是为了替父亲的死报仇后，尼基塔帮她完成了复仇任务。三人重新团结起来，组成了一支全新的、更强大的英雄团队。其中还包括朋克摇滚黑客西摩·伯克霍夫、杰出的中央情报局分析员瑞安·弗莱彻和前海豹突击队队员肖恩·皮尔斯。他们一起搞垮了"组织"并摧毁了它的创造者珀西。但阿曼达仍然逍遥法外，“组织”的特工们也一样，他们是训练有素的刺客，没有主人，驻扎在全球各地。追捕这些特工的任务就落在了尼基塔和她的团队身上。与此同时，欧文再次出现并试图拼凑出他的过去。