ガニメデ星の支配者ヘドロン皇帝の指揮するコンギスター軍団は地球に侵攻、95%を占領。地球の主要エネルギー源である原子力を封じるために、原子炉を破壊するオメガミサイルを装備した監視・ミサイル衛星を衛星軌道上に配置した。コンギスター軍団の占領から唯一逃れた日本で、敷島博士は地球を取り戻すために空母キング・ダイヤモンドと超性能戦闘ロボット『メカンダーロボ』を建造し、コンギスター軍団に立ち向かう。