Sydney在香港醒来，失去了过去两年的记忆，她返回洛杉矶，试图拼凑出她生命的最后两年，并发现了她的朋友和家人的命运：Vaughn已经结婚了；Marshall正在与中央情报局技术专家Carrie Bowman生孩子；Dixon现在是中央情报局洛杉矶办事处分部的新部门负责人。 Sydney还了解到Jack和Sloane令人震惊的命运；前者因与仍躲藏的Irina联系而被中央情报局拘留，而后者则软禁在瑞士，以换取与中央情报局的合作。Sydney获得中央情报局的临时许可，处理一个可能有助于她恢复记忆的案件，并且她遇到了一个名为“圣约”的新敌对组织。