樱田纯，一名不愿上学而长期宅在家里的中学生，热衷于上网购物，并喜欢在购买物品后的退货限期内退回物品。某天他收到一封奇怪的信，上面写着“上发条还是不上发条”的选项，纯在好奇心驱使下选择了“上发条”，之后房间里凭空出现了一只没有署名的神秘皮箱，里面装着一个非常美丽而且质感近似真人的少女人偶。使用木箱内的发条转动背部的开关后，人偶竟像有生命般活动起来，并向纯介绍自己：“我是真红，蔷薇少女的第五人偶。”这时，小丑布偶突然前来袭击，纯在在不明白怎么回事的情况下莫名其妙地成为了真红的媒介，结下了主仆关系。之后，另一对结下类似契约的人类和人偶出现在纯和真红面前，被称为Rozen Maiden（蔷薇少女） 的人偶们的战斗就此展开了……