「在逐渐沉没的世界，我找到了你。」在近未来，不明原因的海平面上升导致大面积地表被海水淹没。幼时因意外事故失去了一条腿的少年斑鸠夏生厌倦了城市生活，迁居到了海边的乡村小镇。他无亲无故，留给他的只有曾属于海洋地质学家的祖母的船和潜水艇，以及债款。夏生为了取回自己“失去的未来”，潜入大海寻找据说沉睡着祖母遗产的海底仓库。他在那里找到的，是沉睡在棺材状装置中的神秘少女——亚托莉。她是几乎与人类无异的，精巧且感情丰富的机器人。从海底被打捞上来的亚托莉说道。「我想完成主人留下的最后一道命令。在那之前，我来做夏生的脚！」在逐渐沉入海中的安宁小镇，少年与机器人少女难以忘怀的夏天开始了——